Năm 1589, sau khi các anh trai của Margurite qua đời mà không có người nối dõi, chồng của bà là Henry III với thân phận huyết thống nam giới gần nhất đã đăng quan trở thành Quốc vương nước Pháp, tức Henry IV của Pháp, mở ra triều đại Nhà Bourbon. Margurite trở thành Vương hậu nước Pháp cùng lúc đó. Hai lần đăng quan ngai vị Vương hậu, Margurite trở thành mục tiêu lôi kéo chính trị và từng bị chính anh trai mình là Henry III giam cầm trong một thời gian dài. Nổi tiếng bởi sắc đẹp và xu thế thời trang rực rỡ, bà có một cuộc sống tình ái đầy phóng túng vì quan hệ với rất nhiều tình nhân từ khi kết hôn cho đến khi hôn ước bị hủy bỏ vào năm 1599. Trong thời gian 18 năm bị giam giữ bởi anh trai mình là Henry III, bà dành nhiều thời gian để viết hồi ký, trong đó nhiều thông tin về việc tranh chấp giữa 2 anh trai bà là Charles X và Henry III đối với chồng bà. Những cuốn hồi ký về sau được phổ biến rộng rãi vào năm 1628 sau khi bà qua đời.
Cuộc đời của bà là nguồn cảm hứng cho rất nhiều sáng tác văn học, nghệ thuật, như là vở kịch của William Shakespeare (Love's Labour's Lost) viết đương thời khi bà còn sống; cuốn tiểu thuyết của Alexandre Dumas (La Reine Margot) và một bộ phim của đạo diễn Patrice Chéreau vào năm 1994 với tên Queen Margot.